Nagasaki je bil tarča ameriške bombe z imenom Fat man oz. Debelinko, ki je nad severnim delom mesta eksplodirala 9. avgusta 1945 ob 11. uri in 2 minuti. Severni del Nagasakija je bil popolnoma uničen.

Skupno je eksplozija terjala 73.844 smrtnih žrtev, okoli 75.000 ljudi pa je bilo ranjenih. Za posledicami sevanja in jedrskega onesnaženja okolja je kasneje trpelo še več sto tisoč ljudi.

Eksploziji atomskih bomb nad Hirošimo in Nagasakijem sta pomagali ZDA k hitrejšemu koncu druge svetovne vojne. Japonska je namreč brezpogojno kapitulirala šest dni kasneje, 15. avgusta 1945, s tem pa se je po kapitulaciji Nemčije v Evropi druga svetovna vojna končala tudi na Pacifiku.

Komemoraciji ob obletnicah eksplozij atomskih bomb nad Hirošimo in Nagasakijem običajno potekata v znamenju pozivov proti jedrskemu orožju in proti uporabi jedrske energije nasploh. Popolno uničenje obeh mest je še danes velik opomin človeštvu, da se grozote atomske bombe ne sme nikoli ponoviti.