Ker je Branko Štefančič umrl med prisilno hospitalizacijo, je njegova mati Frančiška vložila tožbo proti državi. Leta 2007 je Štefančič na državno tožilstvo vložil prijavo zaradi domnevnih krivic, ki naj bi mu jih povzročili sodelavci, znanci, policisti in še nekatere druge ustanove. Tožilstvo je prijavo zavrglo kot neutemeljeno.

Junija 2008 je večkrat po telefonu in osebno grozil delavcem v pisarni tožilstva v Novi Gorici in navajal, da bo prišel oborožen. Tožilstvo je predlagalo psihiatrično obravnavo, saj jih je Štefančičev psihiater opozoril, da bo ubil več ljudi, tudi svojega zdravnika, mater in sestro. Še istega dne je prišla na njegov dom zdravstvena ekipa v spremstvu policistov.

Kot izhaja iz policijskega poročila je prostovoljni odhod v psihiatrično bolnišnico zavrnil, postal naj bi razdražen in verbalno nasilen. Ko so mu policisti dejali, da ga bodo odpeljali s silo, če se bo upiral, naj bi odrinil zdravstvena tehnika, ki sta ga poskušala prijeti za roke. Zdravnik naj bi nato izdal navodilo, da ga pritisnejo ob tla in vklenejo. Zdravstveni tehnik naj bi mu vbrizgal antipsihotično zdravilo, nato naj bi ga obrnili na trebuh in mu vbrizgali še eno zdravilo, ki naj bi ublažilo tresenje zaradi antipsihotičnega zdravila.

Ko je dobil zdravila, naj bi se pomiril, kmalu zatem pa je začel bruhati. Zdravnik je to pripisal posledicam napora, a naj bi zdravstveni tehnik ugotovil nepravilno bitje srca. Začeli so z reanimacijo, a je Štefančič nekaj trenutkov za tem umrl.

V Sloveniji je stekla preiskava dogodka, v kateri so izvedenci ugotovili, da je umrl zaradi zadušitve, ker je vdihnil izbljuvek. Ocenili so, da zdravstveni delavci glede na njegovo agresivnost tega niso mogli preprečiti. Septembra 2008 je tožilstvo zaključilo, da ni pogojev za kazenski pregon. Januarja 2009 je mati vložila kazensko ovadbo zoper policiste, ker so posredovali neprofesionalno in brez potrebe. Tožilci za posebne zadeve so zaključili, da bi bilo mogoče smrt preprečiti, če bi ukrepali takoj, ko je začel bruhati, kar pa je bilo zaradi vedenja nemogoče. Ovadba je bila ovržena. Štefančičeva pa se je obrnila na Evropsko sodišče.

Štefančičeva je obtožila državo, da je odgovorna za smrt njenega sina, preiskava njegove smrti pa da je bila namenjena prikrivanju resnice in izogibanju odgovornosti. Sodišče je ugotovilo, da je bila preiskava smrti opravljena tako, da ni dala vseh odgovorov oziroma, da primer ni bil dokončno raziskan. Štefančičeva je zahtevala 150.000 evrov odškodnine, evropski sodniki pa so ji prisodili 36.000 evrov.