Kordež se je pod drobnogledom preiskovalcev znašel decembra 2010, pol leta po prevzemu Merkurja. V primeru preprodaje trgovskega centra Primskovo je bil obsojen zaradi zlorabe položaja, in sicer na zaporno kazen šest let in pet mesecev, a je vrhovno sodišče, potem ko je bil že več kot leto dni za zapahi, deloma ugodilo zahtevi za varstvo zakonitosti in razveljavilo sodbo, Kordeža pa izpustilo iz zapora.

Sledilo je novo sojenje. Tožilstvo je vložilo novo neposredno obtožbo zoper Kordeža, v katero je vključilo celotno serijo spornih poslov, od preprodaje centra Primskovo prek prenosa preostalih centrov na družbo HTC Dva do financiranja lastninjenja Merkurja prek obvodov. Šlo je za številna podeljevanja posojil, ki so večinoma ostala nepoplačana. Škoda je bila večdesetmilijonska.

V obtožnici je specializirano državno tožilstvo Kordežu očitalo nadaljevano kaznivo dejanje zlorabe položaja in ponareditve poslovnih listin. Tožilec je na sodišču pojasnil, da se je v več letih nabral niz kazenskih ovadb zoper Kordeža, zadnja je bila podana novembra 2015.

Sodišče je Kordežu konec januarja 2016 po priznanju krivde za 11 kaznivih dejanj dodelilo novo skupno zaporno kazen sedem let in pol ter plačilo denarne kazni v višini 23.500 evrov. Od dodeljene zaporne kazni se je odštel čas, ki ga je Kordež že preživel v zaporu, torej leto in tri mesece. Tako je imel Kordež do konca zapora še šest let in tri mesece.